為什麼電子顯微鏡的放大倍率會較光學顯微鏡大呢？其實是受限於可見光的「波長」；當受測物體比可見光的波長還要小時，我們就無法清楚地鑑別，必須借重電子顯微鏡；電子顯微鏡利用高能量射出波長較短的電子波，因此倍率提高，最小約可以鑑別到10埃左右的物體。

不過，原子的尺寸還要更小，約１埃左右。所以一般的反射式電子顯微鏡是無法「看」到原子的（那電子更不用說了！）；目前可以「穿燧式電子顯微鏡」或「場發射顯微鏡」來觀察原子。