你可能有點混淆了。

你提到的「基因改造」和傳統的「配種」其實是不一樣。基因改造比較像是利用人工的DNA重組技術，所進行的「基因工程」；是直接把生物的細胞取出，直接改變它的基因；所以沒有「配種」的問題。

而平常我們說的「配種」，即所謂的「育種」（請參考這篇文章），是讓不同性狀的同種生物交配，產下後代以後，再挑選擁有我們想要的特徵的個體。

絕大部份不同的動物，擁有不同數目的染色體，根本無法交配或產下後代。只有少數親緣關係很近的物種，才有可能產下後代，但是產下的後代不具有生殖能力；如果其產下的後代具有生殖力能的話，我們就不會把牠們這兩種當成「不同種」，而是「同一種」了。

換句話說，母馬和公驢生下的「騾」，不具有生殖能力，所以，驢、馬可以交配，無法「配種」。

馬和驢生下的「騾」如果具有生殖能力的話，馬和驢就不會一個是馬，一個是驢；而會是同一種了。