不過，有些熱帶魚並「不好吃」，二來許多的熱帶魚體內含有俗稱「熱帶魚毒」的脂溶性氧飽和之多醚類化合物（這些化合物是從雙鞭毛藻產生，經生物累積作用後而使毒性加大，最後堆積在位於食物鏈中較上層的熱帶魚體內），故並不適合我們食用。