最常見的原因是超抽地下水，造成地層下陷。台灣西南部沿海盛行養殖漁業，大量地抽取地下水來飼養魚、蝦、貝類，使得地層嚴重地下陷，地下水線當然也跟著「陷」到低於海平面的位置，因此就產生了地下水鹽化的問題。