剛孵化的小鳥，有寄生蟲的可能性比較小，因為如果當他在胚胎時期時就已經長了內寄生蟲的話，他極有可能在蛋中就死亡了，不會孵化出來。

而細菌是有的，因為在大自然界中，細菌幾乎是無所不在的，只是數量的多或少，或是對生物體有沒有害處罷了；剛孵化的小鳥也不可能是完全「無菌」的。